Non loin de la maison natale de Padre Pio, au sommet des vestiges d'un ancien château baronnial, se trouve la « Petite Tour », une petite pièce construite sur un rocher dans laquelle on entre par un escalier raide. Cette petite chambre accueillit Padre Pio de 1909 à 1912, années difficiles de maladie qui l'éloignèrent du couvent et pendant lesquelles il ne fut pas autorisé à séjourner chez ses parents. En effet, à cette époque, les règles strictes des moines capucins imposaient aux moines qui vivaient en dehors du couvent de retirer l'habit de saint François.
Au cours de ces années, Padre Pio commença à correspondre avec ses confesseurs le père Benedetto Nardella et le père Agostino Daniele. Les lettres adressées et envoyées à Padre Pio forment une autobiographie extraordinaire à travers laquelle nous pouvons participer à sa vie spirituelle alors qu'il faisait face à ses souffrances et combattait ses démons.
Dans ce lieu, les lettres nous racontent que Padre Pio était consolé par la présence maternelle de la Madone et réconforté par la présence de Jésus, de son ange gardien et de saint François. Dans sa ville natale, Padre Pio a vécu ces années, entouré de l'amour de sa famille et de l'affection de ses concitoyens du village. Il a vécu des moments remplis de sérénité et de paix, faits de sentiments simples et authentiques qui sont toujours restés dans sa mémoire. Ici, Notre Seigneur l'a préparé à sa mission dans le monde. Padre Pio a observé : « Je ne sais pas comment remercier notre Cher Jésus pour le grand courage et la force qu'il me donne pour supporter non seulement les nombreuses maladies qu'il m'envoie mais aussi les tentations continues qu'il permet et qui jour après jour se multiplient. Ces tentations me font trembler de la tête aux pieds, pensant que je pourrais offenser Dieu. »