L'église a deux nefs et derrière le maître-autel on peut admirer une toile du XVIIe siècle représentant la Madone de Lorette. Dans la petite nef se trouvent de petites niches avec des statues du XVIIe siècle représentant l'Assomption, le Couronnement de la Vierge et sainte Rose. Toujours dans la nef la plus petite, il y a un autel dédié à sainte Anne, et on conserve les reliques de saint Pio, le martyr, extraites des catacombes de Priscille et données à Pietrelcina par le féodal Carafa en 1801. À Pietrelcina il y a une forte dévotion pour ce saint, et pour cette raison, son nom a été choisi par Francesco Forgione pour sa vie religieuse.
À gauche, en entrant dans l'église, se trouve une fresque représentant le Baptême du Christ. Il y a aussi la fontaine baptismale en pierre avec un ciboire en bois. C'est ici que, le 26 mai 1887, Francesco a été baptisé par Don (Père) Nicolantonio Orlando. C’est également là que Padre Pio a fait sa première communion et, le 27 septembre 1899, alors qu'il avait douze ans, il a été confirmé par le secrétaire de l'archevêque de Bénévent, Mgr Donato Maria Dell'Olio.
Cette petite église fut a été le témoin de ses expériences mystiques : les apparitions de Marie et de son Ange Gardien, ses moments d'intimité dans le Saint-Sacrement avec Jésus à qui il ouvrait son cœur avec les plus tendres confidences et expressions d'amour. Dans ses lettres, nous pouvons lire combien d'amour il avait dans son âme pour Jésus : « Les battements de mon cœur sont si forts quand je me trouve devant le Saint Tabernacle que je sens parfois que mon cœur va sortir de mon corps. À l’autel, je ressens parfois un éclair dans tout mon corps que je ne peux pas le décrire, et j’ai l’impression que mon visage est en feu. »