L'église Sainte-Marie-des-Anges, aujourd'hui église principale de Pietrelcina, est située près de la place Sainte-Annonciation (Piazza Santissima Annuziata). Ici, on vénère la Madone du Libère, que Padre Pio appelait affectueusement « Notre petite Madone ».
C'est ici qu'il a été ordonné diacre en 1909 et qu'il a effectué son premier baptême à un enfant qui deviendra plus tard prêtre rédemptoriste.
À la veille de l'Assomption, le 14 août 1910, quatre jours après avoir été ordonné prêtre, Padre Pio célébra sa première messe. Quelques jours plus tard, il écrivit au Père Benedetto de San Marco in Lamis en disant : « Pour quelques jours, j'ai été un peu malade. Peut-être que la cause principale en était la forte émotion à laquelle mon esprit était soumis pendant cette période. Mon cœur déborde de joie, et je me sens tellement plus fort maintenant et je suis capable de faire face à toutes les afflictions que je peux ressentir si cela fait plaisir à Jésus. »
Dans cette église, Padre Pio a vécu d'interminables moments de prière et d'intimité avec Dieu, des extases au pied de l'autel et le phénomène mystique de la fusion des cœurs qu'il décrit dans ses lettres : « Le cœur de Jésus et le mien me permettent d’utiliser cette expression. Nous étions deux cœurs qui battaient comme un seul. Mon cœur a disparu, comme une goutte d’eau qui disparaît dans la mer. » Et encore : « Je me sens brûler sans feu. Un million de flammes me consument. J’ai l’impression de mourir continuellement même si je suis toujours en vie. » Padre Pio a célébré dans cette église des messes « trop longues » et « incompréhensiblement mystérieuses » à tel point que le Père Gardien a chargé le curé de rappeler ce fait à Padre Pio afin que, soumis au vœu de sainte obéissance, il s'y conforme rapidement.